Jana Klusáka do divadla, přizval v roce 1969 Pavel Vondruška, jako výpomoc k hudební stránce hry Hospoda na Mýtince. Jan Klusák za svoji pomoc dostal roli Hostinského. Později se stává také Žílou v Aktu. Od roku 1970 je již jedním z klíčových členů souboru. Zde jsou všechny jeho bývalé role:

Akt - Žíla

Hospoda na Mýtince - Hostinský

Vražda v salonním coupé - Továrník Meyer

Němý Bobeš - Lékař

Cimrman v říši hudby - Dirigent

Dlouhý, široký a Krátkozraká - Děd Vševěd

Záznam hry s Janem Klusákem je jen jeden. Záznam Aktu z roku 1968 nebo 1969 kde ještě vystupuje postava příslušníka VB. Asi nejvíce je spjatý s operu Úspěch českého inženýra v Indii. Je totiž autorem hudby. V divadle také alternoval Pavla Vondrušku v roli dirigenta. Avšak v té době na jevišti nebyli hudebníci, ale hudba byla předtočena na pásek. Dirigent pouze hrál na klavír a dohlížel na to, aby diváci tleskali na správných místech. Až později se začalo hrát s hudebním doprovodem který nebyl předtočen.

Od Cimrmanů však záhy odchází. Jan Klusák na to vzpomíná takto "Divadlo si tenkrát pořizovalo zvukové snímky svých představení. A pokaždé se to točilo, když byla moje role alternována. Říkal jsem, že bych měl taky rád nějakou dokumentaci, a oni mi v divadle vysvětlovali, že je to náhoda, že jsem zrovna nehrál. A teprve když bylo natočeno všechno a bylo očividné, že jsem byl vynechán záměrně, řekl mi Láďa Smoljak pravdu: No, víš, my máme kvůli tobě potíže, nemůžeme na veřejnosti ani moc říkat, že u nás hraješ, mohli by nás kvůli tobě zrušit, tak se, prosím tě, nezlob. Mě to samozřejmě urazilo, ale na druhou stranu jsem to chápal a odešel jsem.

Jenže potom mi spousta přátel tvrdila, že je Úspěch českého inženýra znamenitý, že je nabitý nejrůznějšími hudebními legráckami a že to možná bude to jediné, co po mně zůstane. Já jsem vůbec nepředpokládal, že Divadlo Járy Cimrmana bude mít tak dlouhou životnost. A protože jsem nechtěl, aby má hudba zmizela s koncem divadla, a protože jsem se jim chtěl taky trošku pomstít, rozhodl jsem se na ni napsat svůj text. Úplně jiný příběh. A během práce jsem přišel na to, že od poloviny musím i hudbu udělat jinak, a tak vznikla Bertram a Mescalinda, kterou hraje Národní divadlo v Kolowratu spolu se Zprávou pro akademii."

Přesto však hra Úspěch českého inženýra v Indii byla párkrát zachycena i v předrevolučním podaní. Hra sama se hrála normálně, jen nesměla být zachycena a vydána na zvukových nosičích. Hra se na CD dostává až v roce 2004 a na DVD až v roce 2006. I přesto Jan Klusák na divadlo vzpomíná rád "No jo, já Cimrmany miloval už od Malostranské besedy. A když mě pak mezi sebe pozvali, považoval jsem to za částečně splněný sen být divadelníkem, o němž jsme mluvili na začátku. Postupně jsem hrál hostinského v Hospodě na mýtince, Vševěda v Dlouhém, Širokém a Krátkozrakém, Mayera ve Vraždě v salonním kupé a doktora v Němém Bobši. Když jsem zrovna nehrál hrál třeba v Hospodě na Mýtince a hrál místo mě Svěrák nebo Unger, tak jsem strašně smál," vzpomíná Jan Klusák.

Jan Klusák definitivně divadlo opouští v roce 1976. V divadle však zanechává velkou hudební stopu. Nebýt Jana Klusáka, možná by Cimrmanova opera vypadala úplně jinak. Je také autorem písně "Ty Děde Vševěde" z představení Dlouhý, široký a Krátkozraký.